長久以來，龜山島的海底世界都披著神秘面紗；龜首處的海水，經常呈現黃濁的陰陽海象，空氣中也濔漫著硫磺味。龜山島地處黑潮暖流終年北流之通道上，因此本假域內的海洋生物，應該是非豐富，直到目前為止尚未有系統的調查本域海域生態環境。己知本海域為台灣三大漁場之一，是近海漁撈的主要作業區域，盛產蝦、蟹、花枝、小卷、赤鱆、馬頭魚等高經濟性魚類。由於許多洄游性魚類往來洄游經過本海域，主要漁獲有旗魚、鯊、鯖、鰹、飛魚等，使得本域亦為鏢、釣漁業之良好漁場。龜山島的珊瑚礁位在龜尾東北岸，分佈水深大約從岸邊一公尺以下到六公尺左右，長度約150公尺左右，擁有種類繁多且多采多姿的無脊稚動物和五顏六色的珊瑚礁魚類在此棲息。若與台灣南部珊瑚礁的規模相比較，北處屬於是範圍較小的珊瑚礁區；根據調查結果顯示，其珊瑚種類都生長在大礁石上，水深超過六公尺處即為沙泥底，珊瑚群體無法附著。
